出来ました！
かなり強引なやり方です。
今のところ、問題は生じておりませんが、以下の方法は自己責任でお願いします。
やり方は以下の通りです。
１．アイコンの作成
（１）WebサーバにiPadローカルで表示させたいデータ（html, pdf, etc...)を格納する。
（２）iPadのSafariで、Webサーバへアクセスし、データを表示させる。
（３）サファリのブックマーク追加で「ホーム画面に追加」を選択する。
（４）ホーム画面に、アイコンが作成される。
２．iTunesと同期し、バックアップを作成する。
３．iBacupBot for iTunesでリンク先を変える
（１）iBacupBot for iTunesをダウンロード・インストールする。
（２）iBacupBot for iTunesを起動し、iPadのバックアップデータを作成する。
（３）iPadのバックアップデータを表示させる。
（４）バックアップデータのうち、Livrary/WebClips/***********************.webclip/Info.plistをクリックし、開く。
（５）Info.plistのスクリプトの中に、有る、stringタグのURLを変更させる。
例：変更後
gropen://ghijk.html.
（６）iBacupBot for iTunesで、Restore Backupを実行する。
４．iTunesと同期を取る。
（１）iBacupBot for iTunesでRestoreが完了すると、iPadが再起動し、iTunesと同期を始める。
５．GoodReaderにデータを追加する。
（１）iTunes経由で、GoodReaderに３の（５）のパスと同じ階層にデータ（例：ghijl.html）を追加する。
以上を実施後、iPad上に作成したアイコンを押すと、GoodReaderが起動し、指定したデータが表示されます。
GoodReaderではなく、他のアプリケーションで開きたい場合は、URLスキームが有り、パスが分かっている事が条件になります。
かなり、手の掛かるやり方ですし、かつiPadのバックアップデータを変更すると言うことで、想定外のリスクが有るかも知れません。
とりあえず、自己解決しました。
出来ました！
かなり強引なやり方です。
今のところ、問題は生じておりませんが、以下の方法は自己責任でお願いします。
やり方は以下の通りです。
１．アイコンの作成
（１）WebサーバにiPadローカルで表示させたいデータ（html, pdf, etc...)を格納する。
（２）iPadのSafariで、Webサーバへアクセスし、データを表示させる。
（３）サファリのブックマーク追加で「ホーム画面に追加」を選択する。
（４）ホーム画面に、アイコンが作成される。
２．iTunesと同期し、バックアップを作成する。
３．iBacupBot for iTunesでリンク先を変える
（１）iBacupBot for iTunesをダウンロード・インストールする。
（２）iBacupBot for iTunesを起動し、iPadのバックアップデータを作成する。
（３）iPadのバックアップデータを表示させる。
（４）バックアップデータのうち、Livrary/WebClips/***********************.webclip/Info.plistをクリックし、開く。
（５）Info.plistのスクリプトの中に、有る、stringタグのURLを変更させる。
例：変更前 <string>http://www.abc.ne.jp/~def/ghijk.html.</string>
例：変更後 <string>gropen://ghijk.html.</string>
（６）iBacupBot for iTunesで、Restore Backupを実行する。
４．iTunesと同期を取る。
（１）iBacupBot for iTunesでRestoreが完了すると、iPadが再起動し、iTunesと同期を始める。
５．GoodReaderにデータを追加する。
（１）iTunes経由で、GoodReaderに３の（５）のパスと同じ階層にデータ（例：ghijl.html）を追加する。
以上を実施後、iPad上に作成したアイコンを押すと、GoodReaderが起動し、指定したデータが表示されます。
GoodReaderではなく、他のアプリケーションで開きたい場合は、URLスキームが有り、パスが分かっている事が条件になります。
かなり、手の掛かるやり方ですし、かつiPadのバックアップデータを変更すると言うことで、想定外のリスクが有るかも知れません。
とりあえず、自己解決しました。
