「購入したものを転送する」がうまくいかない

お世話になります。ご教示をお願いします。

PCの調子が悪くなったためOSを再インストールしました。

その後、iTunes（10.3.1.55）をダウンロードしてインストールを行い、

コンピュータの認証を行ったあとに、ipadから購入したアプリを転送するため

「購入したものを転送する」を実行しました。

転送は行われるのですが、転送終了後にiTunesを終了させて、しばらくした後で

起動させると、転送していったものがすべて消えてしまっています。

何回やっても同事象が発生します。

どのように解決したらいいでしょうか？