iTunesのAppリスト上から消去するには

iTunesのライブラリ（App）で削除します。

操作が逆です。

ユーザー>ミュージック>iTunes>Mobile Applications

の下のファイル

には、基本的に手を触れません。iTunesの設計思想では、ユーザーはファイルに触れてはいけないのです。データの管理はiTunesアプリ内で行い、ファイルの管理はiTunesに任せることになっています。

1) iTunesの画面で、左側の「ライブラリ」内の「App」をクリックします。

2) アプリケーションを選択します。

3) Deleteキーを押します。

以上の操作を行うと、iTunesの管理ファイル（iTunes Library）からアプリが削除され、さらに「Mobile Applications」フォルダからも削除されます。

（今回の場合、既にファイルが削除されているので、iTunesの管理ファイルからのみ削除され、iTunesの画面に表示されなくなります。）

余談ですが、iTunesの設計思想は、iTunes登場以降のApple社の基本的な設計思想でもあります。iPhoto、iMovieなどのアプリも同様の設計思想であり、iOSのアプリはこれで統一されています。