復元すると…アプリの「データ」は消えるんでしょうか？

iPhoneのバックアップの中に入っていると思いますが。

「iTunes：iOS のバックアップについて」

バックアップから戻す復元でAppのデータも戻るように思いますが。（RPGは知りませんが、多くのAppのデータはバックアップに入っていて、バックアップから戻す復元で戻るようです。）

iCloudでのバックアップについては、私は詳しく知りませんので、ご参考：

「iCloud：バックアップと復元の概要」

「iOS：バックアップ方法」。

あまり進行中のデータをiPhone本体に保存するって聞いたことないですもんね。

いやいや、それはちょっと違うのですよ。ゲームもそのほとんどはデータをアプリとともにiPhone本体に保存します。で、一部のゲームにおいてのみ本体以外の場所に（そのアプリのメーカーが用意したサーバー等）に保存する事もあるということです。こちらの方が少数です。

ほとんどのアプリに関してはNO9さんのご説明の通りです。

一部のゲームのデータはアプリとともに置くのではなく別途サーバに置いてあることがあります。つまりゲームを最初からやり直したくてアプリを削除〜再インストールしても、サーバのデータを参照してしまうために同じアカウントだと続きからしか出来ないということもあります。

そのアプリ名を書いていただけると同じゲームをしている方からの助言があるかもしれません。

話はそれますが、

例えばRPGなどの記憶は消えてしまう

単なるゲームのデータを記憶という風に、RPGの主人公の一人称視点で比喩的な表現をするのは私も大好きです。

いやいや、まずは落ち着いてNO9さんが書いていただいたリンク先を熟読して下さい。

バックアップを取るときにはアプリ上のデータもそれに含まれます。もちろんバックアップから復元するときはそのアプリとデータがセットで復元されます。

一方バックアップから戻さない復元（新規デバイスとして設定）したときはiPhoneはまっさらな状態になりますのでアプリ、そのデータ共々なくなってしまいます。

復元には以上のように二種類あるという事です。