iphone4s バックアップについて・・・

どちら、というとiCloudとiTunesのどちらか、ですか？

パソコンに詳しくない方なら、iCloudのほうが安全です。毎日自動でバックアップされ、3回前のバックアップまで保存されています。しかし、Wi-Fi環境下で充電しないと自動バックアップは行われません。

パソコンに詳しい方なら、3回分の制約を打破できるiTunesのほうが安全です。ただし、iTuensのバックアップは1回分しか保存されていないので、自分でパソコン内の全データを毎日バックアップし、それが何日分も保存するよう設定する必要があります（Windows 7にその機能があったと思います）。

両方が一番安全だと思います。私は自動でiCloudへ、数日ごとに手動でiTunesへバックアップしています。もちろん、パソコンのHDDを自動バックアップしています。

両方にバックアップしています。一度復元しましたが、問題ありませんでした。

【最新のアプリケーションのダウンロード・・・】と出て

ずっと　〇ｸﾙｸﾙ回りっぱなし

というのは、どこにでしょうか？

iPhoneなのだと思いますが、iPhoneのどこに？そして、どのタイミングで開始されましたか？

現在のiOSが5.0や5.0.1でしたら、5.1へのアップデータをダウンロード中なのかもしれません。しかし、メッセージがそれとは異なると思います。

Windows 7はほとんど触ったこともないので、アドバイスできそうにありません。

お役に立てず残念です。