2008 iMac OS Lion のHDDを2006 iMac OS Snow Leopard に入れて使うにはどうすればよいか。

> データ消去するときのフォーマットはどれを選べばよいでしょうか？

消去するときには、フォーマットを選ぶことは出来ませんけど。別のiMac で使うということなら、単に消去だけしておけばよいです。ディスクのフォーマットはMacOSX を使う限り同じ（GUIDパーティション方式、MacOS拡張フォーマット）ですので。

外付けで使うのならこれでよいのですが、内蔵HDDとして使うとなると、iMac のモデルによっては、hdd に温度センサーの端子がついているものがあるそうですので、注意が必要です（市販のhddにはそんな端子はついてません）。

センサーは多分Late2009からの問題ようですので大丈夫だと思います。

http://vintagecomp.livedoor.biz/archives/51639625.html

取り替えてから初期化するOSでMacOS拡張で初期化しても良いと思います。

スタートしようとすると前のHDDの時と同じようにHDDがないか損傷しているというはてなマークが出てOS インストールできません。アドバイスお願いいたします。

その状態は、「起動ボリュームが見つからない」という事ですけれど、インストールDVDから起動出来ませんか？

(起動時にCキーを押しっ放しで起動 or Optionキーを押しっ放しで起動)

HDDは初期化してから載せ替えたのでしょうから、HDDの中身は、まっさらな状態なので、HDDからは起動出来ません。

私が交換後でもと書いたので、以前のままでそのまま起動の状態なら起動しないかもしれません。

既に解答ありますように、インストールディスクで起動して初期化・再インストールしてください。