ドックと表記されていますが、これはApple Universal Dock MC746LL/A
http://store.apple.com/jp/product/MC746LL/A?fnode=MTY1NDA0OQ
ではなく、iPod touch本体下部のドックコネクタ(30 pin)を意味しているのでしょうか?
Apple Universal Dockを使用していれば、AVケーブルの問題かDockの問題か、切り分けるため、iPod touchにAVケーブルを接続して、音声出力が反転するかどうか、確認して下さい。
Apple純正 Composite AV Cable MB129LL/B をiPod touch 3rd gen.に直接接続して、外部スピーカー経由で出力しましたが、音声出力の反転は確認できませんでした。
ちなみに、Apple純正iPod Universal Dock (MA045G/A, 2005年発売の初期モデル)に Composite AV Cable を接続したところ、音声出力や映像出力が確認できませんでした。おそらくこのモデルは、S-Video outやLine outからのみ出力しているのでしょう。
音声出力の確認方法としては、テスト用のファイルを探して、再生して下さい。
#適切なURLを紹介できず申し訳ありません。
オーディオテストトーン
http://www.youtube.com/watch?v=GzxQa7146ew
テストツールAC3ドルビーデジタル5.1chのサウンドテスト
http://www.wooferbasstest.com/ja/download/test-tool-ac3-dolby-digital-5-1ch-sound-test
#.aviファイルのため、iPodで直接再生できません。mp4に変換して下さい。
多機能 高精度 テスト信号発生ソフトWaveGene (Windows用フリーウェア)
http://www.ne.jp/asahi/fa/efu/soft/wg/wg.html
#お好みのファイルを出力して下さい。
Audio test tone into wav
http://sourceforge.net/projects/wavb/
#MacOSには対応していません。