1台のコンピューターで複数のデバイスを管理するには

1. 各ユーザごとにPC上でユーザアカウントを作って管理する。
2. お父さんがiOSデバイスを全て所持しており、家族に対して貸与している状態であればiTunes StoreやApp StoreのApple IDは同じでも問題無いでしょう。そうすればアプリ等は再購入する必要は無く全てのiOSデバイスで使用できます。それ以外の場合だと、いろいろ工夫して下さい。
3. その他のApple IDに関してはそれぞれのユーザごとに別な物を与える。

設定に関してはこんなところでしょうか。

PCのお父さんのアカウントは常にログインしている状態でiTunesを立ち上げてホームシェアリングを入れておけば、その他のユーザは各自のアカウントでPCにログインして各自のiTunesからホームシェアリングで音楽を共有できると思います。

>手順が3通りありどれが最適なのでしょうか。

どの方法でも問題なく使えますが（iTunesに4台のバックアップはできますが），ご家族で共有の場合なら，また「私のアプリが入ってしまいました」という状態なら，家族毎に別のアカウントを作ってログインして使用して下さい（一番，間違いがおきにくい方法です）。

>アプリと音楽は共同で使用したい

ここら辺は微妙な問題がありアップルの公式ページでは書きにくい所があるのですが，アプリや音楽はApple IDに紐づけられていますので，その限りで使用できます。

お父さん，家族のために頑張って下さい。