Apple Configrator ではモバイルデバイス管理は出来ないみたいですね。こちらは別のツールを使ってくれ、ということでしょうか。
iPhone 構成ユーティリティですが、unpkg 4.5というフリーのツールで iPhoneConfigurationUtility.pkg(dmg の中に入っているインストールパッケージ本体)を見ると、何がどこにインストールされるか分かります。これらを削除すればよいのかもしれません。
見てみると、以下のファイルやフォルダーのようです。
/Applications/Utilities/iPhone%20Configuration%20Utility.app/
/System/Library/CoreServices/CoreTypes.bundle/
/System/Library/Extensions/AppleMobileDevice.kext/
/System/Library/Extensions/AppleUSBEthernetHost.kext/
/System/Library/LaunchDaemons/com.apple.usbmuxd.plist
/System/Library/PrivateFrameworks/DeviceLink.framework/
/System/Library/PrivateFrameworks/MobileDevice.framework/
ただ、手で削除ということですとミスは許されませんので、バックアップを取ってからやってみてください。フォルダーを上げてますが、これらのフォルダーの中に含まれているものが全てこのパッケージでインストールされるものというわけではない可能性が強いので、ご自分でお確かめの上対応願います。
特に/System 以下のものを扱うのは、うっかりミスは起動出来なくなるなど致命的な事故に繋がる恐れがありますので自己責任でお願いします。
でも、これらインストールパッケージ本体に含まれるファイルがおかしいというより、
〜/Library/Preferences/com.apple.iPhoneConfigurationUtility.plist
〜/Library/Preferences/com.apple.iPhoneConfigurationUtility.plist.lockfile
などの関連する初期設定ファイルを削除するだけでうまく動くようになることも多いのですが、それは試されたのでしょうか。