iTunesカード1500円分余っていたのでアプリで課金しようかと思ったら銀行から金額が引かれた。iTunesカードが優先されると聞いたのですが…

念のため、手順や時系列を確認しますよ。

・Apple IDにiTunes カードのクレジットが登録（チャージ）済み

・アプリを購入したApple IDとクレジットをチャージしたApple IDは同一

手順を確認することで再発を防ぐことが出来るかも知れませんが、すでにクレジットカードに請求された項目を取り戻すことは出来ません。

根本的な解決方法や原因を究明するためには、Apple サポート iTunes Store担当に問い合わせて下さい。

フォームに必要事項を記入すると自動応答メールがすぐに届きますが、実際の担当者とのやりとりはメールベースで２４営業時間内の返答（つまり、フォーム記入からヘタすると48時間ぐらい要するばあいもある）となっています。

不着トラブル防止のために、@apple.comドメインからのメールを受信できるように、ISPの迷惑メールフィルタを事前に変更されることをお薦めします。

フォームへのアクセスは下記の手順で。

iTunes for Win> iTunes Store> アカウント情報> 購入履歴> 「問題のアプリ」> 問題を報告する