アプリのデータを復元する方法がわかりません・・・

ただ、今iTunesでAppという項目を押したところ、その時のアプリが残っていなかったので、

現在、iPod touchの方にもAppは残っていないのですよね…。なら、iTunesでStoreに接続して再ダウンロードかな…。

また、

自動的にされていたのでデータがあった段階での保存はあるはずです。

念のためにこのバックアップファイルをコピーして確保しておくというのもお勧めします。万が一、消してしまうと取り返しが付かなくなりますので。「iTunes：iOS のバックアップについて」

追記：

ということは、もうデータ復元は望めないですよね・・・。

App本体はStoreから再ダウンロード、AppのデータはiOSのバックアップからで（必ずできるとは保証できませんが）できる可能性はあります。

復元する際に基本的な情報のみ復元しますというような表示がでて、Appは復元されないのです。

「というような」ではなく、一字一句間違えないように書き写してみてもらえますか？

エラーの文章は定型文なので、それをキーワードに検索するだけで解決方法が見つかる場合もあります。

ちなみに、復元後のセットアップでWi-Fiに接続するように設定していますか？

設定していればiTunes側にAppがダウンロードされていなくても必要なAppはオンラインでダウンロードされるのですが、設定していなければダウンロードされず設定も復元できないかもしれません。

設定しているのにも関わらずうまくいかないのであれば、iTunes側で事前にAppのダウンロードを済ませて復元をしてみるといいかもしれません。

App Store、iBookstore、iTunes Store で以前購入した項目をダウンロードする方法

それでもダメであれば残念ながらバックアップが損傷しているので諦めるしか無いかもしれません。

あともう一つ確認ですが、iOS 6にアップグレードする前のiOSのバージョンはわかりますか？

今そのページを読んだのですが、今バックアップをすると前のバックアップしたデータが消えそうで怖いです・・・。

そうではなくて、「iTunes バックアップのコンピュータ上での保存先」にあるファイルを直接、デスクトップでも、USBフラッシュメモリーでも良いので、コピーしておくということです。

「Windows Vista および Windows 7：¥ユーザー¥[ユーザー名]¥AppData¥Roaming¥Apple Computer¥MobileSync¥Backup¥」のフォルダー・ファイルをコピーして取っておくと。

文章は「連絡先、カレンダー、メモ、および設定のみが復元されます。iPodファームウェアは復元されません。」です。

であれば、「バックアップから復元」の確認画面の定型文であってエラーではないので気にしなくても大丈夫です。

前のiOSは、覚えていませんが今回が初めての更新です。

iPod touch 第4世代で発売時に購入したものであればiOS 4.1である可能性もありますね。そうなると、バックアップの構造が違いすぎて完全には復元できないということもあるかもしれません。

いずれにせよ、iTunesでAppをダウンロードした状態でも同じ状況になるのであれば残念ですがデータは諦めるしかないです。

今、ダウンロードが完了したんのですが、それをipodに入れる方法がよくわかりません。

その状態で再度バックアップから復元してください。

それでも、AppとAppのデータが正常に復元できないのであればデータは諦めるしかないです。

iPod touchにAppを再度インストールする方法については、iTunesから同期の操作をしてもいいですし、前のコメントに表記したリンク先を参考に「購入済み」からダウンロードしなおしてもいいです。

アプリのデータ

はiOSのバックアップに含まれまれますので、復元でバックアップから戻す等です。

「アプリ内のデータをそのままに、再インストールしたiTunesと同期したい」

「同期について」

「バックアップからの復元でアプリが復元しません」

「復元すると…アプリの「データ」は消えるんでしょうか？」

等々。

「バックアップからの復元でアプリが復元しません」辺りの話は？

もちろん、App本体はiTunesの方に入っているのですよね？（もし無いという話なら、iTunesの方にApp本体が入っている・登録されている状態にしてからという話になりますが。）

追記：

「ipod touch にios 6を更新」、これはiTunesに接続して行ったのですよね？

環境設定がどこにあるか見つけることができません

iPod ハンドブック：環境設定を設定する

そもそも、同期に使用しているパソコンのOSと、iTunesのバージョンは？

「環境設定」を見つけることができました。

で、バックアップは残っていましたか？　残っていたようであればバックアップから復元を試してみるといいです。

iOS：バックアップ方法

＃「iTunes」＞「バックアップから復元する方法」参照

iTunesのバージョンはよくわからない

iTunes：お使いのバージョンを調べる方法

掲示板等で相談する際には、バージョン情報というのはとても重要なので調べておくといいです。

しかし、App本体がiTunesに入っている状態というのがよくわかりません。

では、日常、アプリケーションの管理等はどうされていたのでしょうか…。iTunesのライブラリの中にAppがありますが、そこにiPhoneで使用されているAppが有りませんか？

iOSのバックデータがどこにあるのかがわからない

iTunesの「環境設定」＞「デバイス」＞「デバイスのバックアップ」でバックアップが残っているか確認できます。その更新日を確認してみて、データが残っていた段階のバックアップがあればそれを使って復元することでデータを戻せる可能性がありますし、残っていないようであれば諦めるしかないです。