iPhoneをiTunesに接続してもAppが同期されない

MacBook(OS10.8)で、iTunes11、iPhone5(iOS6)を使用しています。

iPhoneをコネクタでMacに接続しますと、iTunesが自動的に立ち上がり、同期が始まります。

音楽も写真もムービーも同期はきっちりされます。

ここまではいいのですが、iPhoneでインストールしたりアップデートしたAppだけが、どうしても同期されません。

同期後にiTunesの「App」を見てみると、「〜個のアップデートが利用可能」と表示されており、iTunes側ではアップデートされていないのです。

同期中の作業段階を示す？画面には、「同期するAppを決定中」と表示されているので、同期しようとしてはいるようなのですが。

逆に、ItunesでAppをインストールし、その後コネクタで接続したiPhoneに同期すると、Iphoneにもインストールされます。

iTunesの「設定」の「自動的にダウンロード」の「App」にはチェックを入れていません。

（チェックを入れると、iPhoneでアプリをダウンロード後消去しても、その後iTunesに自動的にダウンロードされ、

コネクタでつないでiPhoneを同期させたときにそのアプリがまたiPhoneにはいってくるのがいやだから。）

ただし、iTunesの以前のバージョン及びiPhoneの以前のものでもチェックを入れていなかったので、

このことが原因で、上記の問題が起こっているのではないと思っています。

分かりづらい説明で申し訳ありませんが、困っていますので、何卒解決策をお教えください。