私も昨日から同じ現象で悩んでいましたが、先ほどなんとか自力で解決しました。
PC本体にあるiTunesからの復元をした直後は、スマホ(au / iPhone 5) の本体には385件の連絡先があるので、すぐに
88件に減ってしまいました。 何回も試してiTunesから復元してもすぐに連絡先が減ってしまいました。
これはスマホが 自動的に iCloudに接続すると、iCloud内の連絡先に同期してそこに残っている連絡先の88件を読み込んで
しまうと判明しました。 実際はiCloudの連絡先を見ても、なにも入っておらず一件も目視はできませんでした。
解決策は、スマホ本体のiCloudのiPhoneを探す機能をoff にしてiTunesからの復元を可能にしたら、iCloudからサインアウトし、、念の為に、
機内モードにしてWiFiから遮断し、復元されたスマホ本体の連絡先を、CopyTrans Contactsを使って、iCloudの連絡先に移行させました。
これで、スマホの連絡先が全て、iCloudの連絡先に乗ったので、スマホが iCloudに接続されると、
スマホ本体はiCloudの連絡先を読み込み、385件になってもそのまま減らずに残りました。
尚、CopyTransContactsのお試し版では50件しか移行できないので、¥990で.無制限版を購入しました。
これで解決できなければ、au shopに相談しに行く予定でした。
他に、もっとよい解決策があると思いますが、取り敢えずこれで解決できました。