バックアップで、消してしまったアプリはもう、バックアップできないのですか？

質問の意図が今ひとつ図りかねるのですが、バックアップに用いているのはiTunesではなくiCloudでしょうか？

iCloudなら意図的に消したバックアップを復元させることはできないと思います。

しかし、そもそもアプリ本体はバックアップの対象ではありません(バックアップされているのはアプリのデータや設定だけ)。アプリはバックアップの有無にかかわらず、同じAppleIDで再ダウンロード可能です(ただし、そのアプリが現在も入手可能であることが条件)。

失礼致します。　このページ上のリンク先に方法が詳しく載っていますので、じっくりと読んでみて下さい。　 → iCloud：iCloud ストレージの管理

１）iPodホーム画面から『設定』＞『iCloud』＞『ストレージとバックアップ』と進み、iCloudストレージの容量を確認します。　追加購入していなければ５GBのはずです。

２）その画面にある『ストレージを管理』をタップすると、iPodバックアップ用に使用されているサイズや、『書類とデータ』用に使用しているサイズ、メール用に使用しているサイズが表示されます。　この一覧から大きなサイズの項目を特定します。

３）バックアップのサイズが大きい場合は、それをタップして、バックアップオプションからバックアップしなくてもよいアプリの項目をオフにします。　　『書類とデータ』のサイズが大きい場合は、データを削除しても良いアプリをタップして、右上の編集ボタンを押して、データを削除します。　メールのサイズが大きい場合は、メールアプリを起動して、ゴミ箱を空にするなどの対策をとって下さい。