Envelope の録音について

MPK49からCCを送信してそれをリアルタイムでレコーディングしたいと言う事でいいですか？。

通常問題無くMIDIデータとしてレコーディングする事が出来るはずです。もしレコーディングが出来ないのであれば、MIDIデータを録音する際にMIDIフィルター等で除外していないか確認して下さい。また、MIDIデータですので当然オーディオトラックには録音出来ません。

またバンクチェンジなどで

これはCC0（バンクセレクトMSB）CC32（バンクセレクトLSB）を指していますか？。そうであればステップで打ち込んでもいいし、リアルタイムで他の機器から送信してもいいですよ。当該機器がCC0、32を受信出来るかどうかは当該機器のMIDI インプリメンテーションを参照して下さい。

MIDI のコントロールチェンジを記録するのは、やすどんさんの書かれた通りです。

Logic にはこの他に「オートメーション」というものが有ります。詳しくはユーザーマニュアルの「オートメーションを操作する」の項を。

プログラムチェンジやバンクセレクトは、Logic の内蔵音源やエフェクトは受け付けません。例外的に「チャンネルストリップパフォーマンス」というものがあり、チャンネルストリップ全体の設定を、MIDI ch 1 のプログラムチェンジで切り替えることは出来ます。通常のプログラムチェンジよりも多くのパラメータが一度に切り替わるため、演奏中に使うのはかなり問題が有ります。詳しくは、「チャンネルストリップを操作する」の項を。
プログラムチェンジ／バンクセレクトが必要な場合は、別のトラックを作りましょう。それが Logic の流儀です。Logic は使用していない音源やエフェクトは、CPU 負荷がほとんど発生しない仕組みなので、この方が安定します。

サードパーティの Audio Units の場合は、プログラムチェンジ／バンクセレクトを受け付けるものがあります。ただし、MIDI ch 1 はチャンネルストリップにインターセプトされてしまうので、MIDI ch 2 以上で。