自己解決しました。
こちらのRapid SSLのチェックするところで調べたところ
https://knowledge.rapidssl.com/support/ssl-certificate-support/index?page=content&id=SO9556&actp=LIST&viewlocale=en_US
このようなエラーが出てきました。
Two certificates were found with the same common name. The certificate
installation checker cannot determine which is the correct certificate
for the Web server. Remove the incorrect certificate and then test again.
Server.app で登録した場合、次のように「/etc/certificates」の中に証明書や中間証明書が登録されているようで、
SSLCertificateFile "/etc/certificates/example.com.2A537EAE718080E49D0C81703FAD4869FD594A4B.cert.pem"
SSLCertificateKeyFile "/etc/certificates/example.com.2A537EAE718080E49D0C81703FAD4869FD594A4B.key.pem"
SSLCertificateChainFile "/etc/certificates/example.com.2A537EAE718080E49D0C81703FAD4869FD594A4B.chain.pem"
中を確認したところ、中間証明書に証明書がくっついて登録されていました。
それで証明書を重複するような形になっていたようです。
中間証明書の中にあった証明書部分を削除したら無事にdocomoで表示するようになりました。
なんで中間証明書ファイルに証明書がくっついて登録されるのか分かる方がいましたら教えて欲しいです。。。