再起動後に同期すると、環境が復元されてくるのですが、データが全くない状態で、アプリケーションも数個破損した状態です
iPhone上のiCloudの所は、復元中にはなっていません
なぜ更新したのに、古いIDを求められるのでしょう?
違うApple IDで買ったアプリが混在するからでしょう。
なので、使用中のApple IDでアプリを買い直してから、古いApple IDとの関連付けを断ち切って下さい。
関連付けを切るにはコチラ
(パスワードが思い出せない場合はApple IDは削除出来ないので放置で構いません)
※支払い情報や個人情報が残るのでどうしても削除したい場合はサポートへ連絡してApple IDに入れるようにしてから、情報を削除して放置という形になります。
→http://support.apple.com/kb/HT4627?viewlocale=ja_JP
それから
先ずパソコンから「https://www.icloud.com/」に入って見て下さい。
使用中のApple IDでちゃんとデータは有るでしょうか?
また、iphoneの「設定→iCloud」のアカウントは使用中のIDでしょうか?
Apple StoreのアカウントとiCloudのアカウントが違っていませんか?
※データが無い場合や以前のApple IDのアカウントだった場合は、以前のApple IDのiCloudにデータを同期していたという事になりますので上記の関連付けの削除は取り敢えずストップして下さい。
これらを整理して最終的に使うApple IDのWEB版iCloudにデータを集めてから
iphoneの「設定→iCloud」のアカウントを削除してもう一度サインインして見て下さい。
※この作業でフォトストリームのデータが削除されますので、大切な写真はカメラロールかパソコンへバックアップをして下さい。
注)関連付けについて
よく中古で売買する人が多いですが、この関連付けの削除を怠ると初期化しても関連付けは消えませんので、iphoneがApple IDを求める時に過去に使っていたApple IDが表示される事が有ります。
例えば悪戯を持った人がそれらのiphoneを入手したりすれば難なくメールアドレスを手に入れ、またパスワードを解析されてしまえばApple IDの乗っ取りに合ってしまいます。気を付けて下さい。