このような現象、私もよくあります。
MacのFinalCutProで編集したものをProRes形式のQTファイルに書き出して、Windowsで開こうとするとき、素直にQT7やWMPなどで開ける場合と、「エラー2048:このファイルはQuickTimeが認識できるファイルではありません。」のメッセージが出て開けない場合とあります。
たぶん書き出しの時に何らかの原因でヘッダか何かが壊れてしまったのかもしれません。Macの「情報を見る」では詳細な情報が得られないため、Windowsのプロバティーから「詳細」を選択してファイルの情報を見ると、正常に再生されるmovファイルはビデオの長さや音声のチャンネル数や形式などが表示されるのですが、再生されないmovファイルはそこの部分に何も表示されていません。でも、MacのQuickTimeでは正常に見られるのです。
対処方法として試したのは、MacのQT7で壊れたと思われるmovファイルを展開してから別名で保存を「独立再生形式」にチェックを入れて行ってみましたが、やはりこのファイルもMacでは再生されますが、Windowsへもって行くと同じエラーが出てしまいます。
そこで、壊れたmovファイルを修復するソフトウェアがありましたので参考までにご紹介します。私も未だ試してみませんが、Yodot MOV Repair というものです。試用版ではファイルのアナライジングに時間がかかるようですが、有償版ではどうかな。
解決しましたらまた投稿致します。