この不具合は、何ですか？
ディスプレイ画面が点滅します。この不具合は、何ですか？
アクセシビリティの機能がONになっていませんか？
お使いのOSのバージョンによって確認方法が違うので10.9の確認方法を書いておきますね。
システム環境設定＞アクセシビリティ＞オーディオ＞通知音が鳴るときに画面を点滅させる
がオンになっていればオフにしてください。
この設定がオフの場合はもう少し状況を詳しく書くと他の方からもアドバイスがあるかもしれません。
（お使いのOSのバージョンや、どんな時に画面が点滅するのか。点滅はどんな感じなのか等）