私もやっと試す環境が出来たので、やってみました。
MacBook Pro Retina 15 inch late 2013 2.3 GHz core i7 1TB SSDです。機種IDはMacBook Pro 11,3 です。実は３月の消費税が上がる直前に購入したものです。外付けは Thunderbolt 接続のSSD (120G, elgato) です。仕事の関係では、Windows 7 の方を使うので、内蔵SSDは３つのパーティションに分けて、最初のパーティションにWindows 7 を入れてます。また、VM Ware Fusion の仮想環境にもWindow 7 を入れてます。Windows 8.1 はまだ様子見ということで、外付けにインストールすることにした訳です。インストールしたのは、Windows 8.1 Professional DSP版（DVD）です。以下に書くことは私の環境にしか通用しないかもしれませんので詳しい情報を書きました。
内蔵SSDを既に３つのパーティションに分けてますので、Bootcamp アシスタントを立ち上げても、USBインストーラを作ることしか出来ませんでしたが、（ディスクユーティリティでインストールDVDをisoファイルにしてから）、これでUSB化しました（このときにBootcampドライバーのダウンロードもやってくれてUSBインストーラにインストールされました）。なお、USBは2.0 のものだと、MBRブートの方しか立ち上がりませんでしたので、USB3.0 のものを使いました。USB3.0にインストーラを仕込んだものは、MBRブート（画面にWindowsと表示される）、EFI（UEFI、画面にEFIと表示される）ブート両方可能です。option 起動でどちらを選んでもインストーラは普通に立ち上がります。
MBRブートの方で立ち上げて、インストールを進めます。Thunderbolt SSDをマックのディスクユーティリティでフォーマットしていると、インストールは完了しますが、再起動でWindowsが立ち上がりませんでした。オプション起動にしても、起動ボリュームとして表示されません。ということで、（私の場合は）、MBRブートでインストーラを立ち上げると外付けSSDにはインストールは完了しませんでした。
それで、インストーラをEFIブートの方が立ち上げるしかないのですが、こちらで立ち上げると、インストール先の選択でマックでフォーマットした外付けSSDを選択できませんでした。MBRテーブルがあるために、UEFIではインストール出来ないとのメッセージが出ます。インストーラのフォーマットでフォーマットしてもこれは同じでした。ディスクユーティリティでフォーマットしてる限りここからどうしても進めませんでした。そこで、一旦、ターミナルのddコマンドで
sudo dd if=/dev/zero of=/dev/disk1 bs=512 count=1
として、MBR部分を完全に消してから試しました。この状態では、MacOSXのディスクユーティリティでは未フォーマットのディスクとしてしか認識されません。Windows 8.1 のインストーラでも、この状態だと未フォーマットのディスクとしてしか認識されませんが、インストール先を選択する画面の下のメニューで新規を選択出来（フォーマットは選択出来ない）、こうすると、完全にWindows用のドライブとしてフォーマットされます。この状態だと、インストーラは正常に進行し、完了しました。再起動出来るかどうか不安でしたが、再起動も問題なく出来、これでWindows 8.1 Professional のインストールは完了しました。Bootcamp ドライバーをインストールすれば、無線LANも使えるようになりました。
ということで、（少なくとも私の環境では）、外付けSSDにWindowsをインストールするときは、Windows でUEFIのフォーマットしてないと出来ませんでした。
まだインストールしたばかりで、どの程度安定に動くかは様子見の段階です。今のところは外付けSSD上のWindows 8.1 も普通に起動します。
