MacPro 2013のマルチ・ディスプレイ環境について

MacPro late 2013に、NECのLCD3090WQXi（Apple DVI Dual link アダプタ使用）と、DELLの2007FP二台（ともにsingle link アダプタ使用）の三機のディスプレイを接続して使用しています。

Mac Pro (Late 2013)：複数のディスプレイを使う

の頁の説明によれば、MacProに接続できるDVIディスプレイは二台まで、という制限は、Active Adapter（AppleのDual Link Adapter）を使用すれば回避できるということで、実際これまで上記の構成で問題なく動いていました。

ところが二、三日前から、この構成で電源を投入すると、一枚のディスプレイに出力されなくなりました（どれに出力されないかはその時によって変わるようです）。とりあえずDELL 2007FPの一台をVGA接続に切り替えて使用しているのですが、

(1) VGAの画面に時々乱れが出る

(2) 1600*1200の画面を270度回転して使用して1200*1600にして使用しようとするが、この解像度が選べない

といったちょっとした不便も出ています。

関連するかどうかはわかりませんが、システムレポートで「グラフィック」を見ると、二枚指してあるAMD FirePro D500のうち、一枚（Slot2）のところにだけ三機のディスプレイが接続されているように表示されます。これはこれで正しい表示なのでしょうか？

グラフィックボードの不具合を疑うべきかどうか、判断が難しく、同じような問題を持っておられる方がいらっしゃらないかと思い投稿しました。

なお、DVIケーブルの取り替え、Dual Link Adapterの交換、差し込むThunderboltポートの変更等は一通りやってみましたが変化はないようです。

Thunderbolt ポートにはディスプレイ三台の他に、Pegasus2のHDDを一機接続しています。

PRAMクリアも試しましたが効果はありませんでした。