起動時のアップルマークがピンク色にちらつく

US版のディスカッションですが、こちらの方も同じ症状でPRAMクリアでなおったそうです。

また、なおらなかったかたもいらっしゃるようです。

Problems with screen macbook pro retina

https://discussions.apple.com/message/25807932#25807932

当方は、新規インストールした後の初めての起動でりんごマークが一瞬ピンクになりましたが、すぐに元に戻り、なにもしていないにもかかわらず、それ以来発生していません。

MBP Retina Mid2012 15inch, OS X 10.9.3

ご参考：「Re: iMac初期起動時の一瞬のブラックアウト？」

で、SMCのリセット等は試されたのでしょうか？

「MBP 起動時赤いリンゴマーク」

詳しい回答はできないですが、

kngi さんによる書き込み:

何かウイルス等感染していないか心配です。

症状から考えて、そのタイミングでウイルス感染が原因で有る可能性は、かなり低いのではないでしょうか。