App Storeで、パソコンにインストールされてないLINEのアップデートがあるとでてきて、そこに知り合いのAPPLE IDがありました。これはどういうことでしょうか？

その知り合いが、あなたのパソコンのApp Storeに自分（その知り合い）のApple IDでサインインしたとか。

その知り合いがMotoyasuさんのMacを無断で使ったとか。

App Storeのサインオフをしておいた方が良いかも。

更には、App Storeに使っているApple ID（できれば、その他のIDも）のパスワードも変更しておくべきかも。

Macのログインパスワードも変更しておくべきかも。

>それなんですが、その知り合いが自分のパソコンに触る機会が全くなかったんですよ。
自分のパソコンにLINEがインストールされた形跡もありません。

ご友人でなければご友人になりすました誰かが入力しない限り、他人のIDが設定されることはあり得ません。ご友人自身がいれたのでなければ、そのご友人のパスワードは漏洩していますのでご友人もパスワードを変更するように連絡した方が良いかと思います。

sそれとアップデートの通知が出たということはLINE がMac 内の何処かに有るということになります。場所を変えてもOS が追跡しますので何処かに隠されていないでしょうか。