/usr/localディレクトリについて

　失礼します。最近、MacのOSをMavericksからYosemiteにアップグレードしました。すると、以前存在していた/usr/localディレクトリが消えてしまいました。アップグレードするまでに色々行ったことが原因かもしれないので、その手順を以下に記しておきます。

　まずYosemiteにアップグレード後、FileVaultでディスクの暗号化を行いました。しかし、いつまで経っても暗号化が終わらず、非常にMacが重かったので何度かOSを再インストールしました。しかし、それでも終わらないので仕方なくOSのクリーンインストールをしてすべてフォーマットしました。

　その後、移行アシスタントでの復元をせず、とりあえず空っぽの状態で新しいユーザ名（A）を設定してログインしました。FileVaultを切りにしていたので、Macが問題なく動く事を確認した後、移行アシスタントで復元しました。すると復元前に作成したユーザ（A）と復元後のユーザ（A）の名前を同様にしていたので、移行アシスタントが「アカウントを上書きしますか、それとも両方残しますか？」と聞いてきました。復元前のユーザは確認用で作成しただけなので、必要ないと思い上書き（復元前のデータは残っていません）を行い復元しました。そして復元が完了して今の問題である、/usr/localディレクトリが消えてしまいました。今まで行ったことで問題のあった点はありますか？/usr/localは色々いじっていたので困っています。どうすればいいでしょうか？

よろしくお願いします。