失礼致します。
私の環境は MacBook Pro(Retina, 15-inch, Mid 2012)の OS X Yosemite(10.10.1)ですが、「Dock を自動的に隠す」
設定で、ウィンドウサイズの最適化(緑色のマークを「option」キーを押して「+」に変わった状態でクリック)を行うと、
Terminus_B303 さんと同様の状態になります。
(1 mm 程度の隙間が有ります)
ずっと「Dock」を表示させたまま使用して来たので、OS X Mavericks(10.9.x)の時にどうだったのか分からない
のですが、少なくとも OS X Yosemite(10.10.1)では下記の全てのアプリケーションで同様の状態になりますので、
OS X の仕様ではないかと思います。
(勿論、「フルスクリーン対応のアプリケーション」をフルスクリーン表示にすれば、隙間無く表示されます)
【 フルスクリーン未対応のアプリケーション 】 (「※」印は、他社製アプリケーション )
・「AirMac ユーティリティ」、「Audio MIDI 設定」、「Automator」、「ColorSync ユーティリティ」、「FaceTime」
・「アクティビティモニタ」、「イメージキャプチャ」、「キーチェーンアクセス」、「システム情報」
・「テキストエディット」、「ディスクユーティリティ」、「リマインダー」、「辞書」、「連絡先」
※ 「Adobe Reader」、「Adobe Illustrator CS6」、「Adobe InDesign CS6」、「Adobe Photoshop CS6」
※ 「CLIP STUDIO」、「CLIP STUDIO PAINT」、「Magican」
【 フルスクリーン対応のアプリケーション 】
・「App Store」、「DVD プレーヤー」、「Finder」、「Font Book」、「Game Center」、「GarageBand」
・「iBooks」、「iMovie」、「iPhoto」、「iTunes」、「Numbers」、「Photo Booth」、「QuickTime Player」
・「Safari」、「カレンダー」、「コンソール」、「スクリプトエディタ」、「ターミナル」、「チェス」
・「プレビュー」、「マップ」、「メール」、「メッセージ」、「メモ」