失礼致します。
表記の通り、マップとiBooksをDockから削除しても再起動時には再度表示されてしまいます。
「マップ」と「iBooks」は「Dock」上にアイコンが表示されるだけで、自動的に起動したりはしませんでしょうか?
ログイン時に自動的に起動する場合は、「」メニュー >「システム環境設定」>「ユーザとグループ」>「countattsu さん
のユーザアカウント」>「ログイン項目」の「ログイン時に自動的に開く項目」に、「マップ」と「iBooks」が追加されて
いませんでしょうか?
(追加されている場合は、「マップ」と「iBooks」を選択し、「ー」ボタンをクリックして削除して下さい)
追加されていない場合は、「セーフモード」で起動してログインした場合と、「新しいユーザアカウントを作成」してログイン
した場合の双方で、同様の不具合が発生するかどうかを確認して見て下さい。
( ※「セーフモード」で起動してログインすると、動作や表示が極めて緩慢になりますが、不具合ではありません。
確認後、「」メニュー >「再起動」で Mac を再起動させて下さい)
OS X:セーフブート、セーフモードとは? - Apple サポート
OS X Mountain Lion: 新しいユーザアカウントを作成する
「セーフモード」で起動してログインした場合には改善されないが、「新しいユーザアカウントを作成」してログインすると
不具合が発生しない場合は、下記の操作を行って見て下さい。
不具合の発生している countattsu さんのアカウントにログインし、「Dock」上から「マップ」と「iBooks」を削除して、
他に何もアプリケーションを起動させていない状態で「Finder」を開き、「option」キーを押しながら「移動」メニュー >
「option」キーを押しながら「ライブラリ」>「Preferences」フォルダ内の「com.apple.dock.plist」を「ゴミ箱」へ入れて
直ぐに「Finder」を閉じ、「」メニュー >「再起動」で MacBook Pro を再起動させて下さい。