外付けHDDからのubuntu起動は可能ですか？

oお書きの内容からすでに諸々お試しと思いますので、ちょっと投げやりな方法を書かせていただきます。今、お持ちの外付けHDD がOS X に起動に対応しているならその外付けにOS X をクローンして起動する事を確認してから内蔵ストレージにそのUbuntu とやらをインストールしてはいかがでしょうか。Windows に影響を与えずにできるはずです。

ubuntuはインストールDVDで起動すれば、ubuntuとして使えますけど。修復目的ならそれでも間に合うかと。

最近はフォローしてませんが、一時は、外付けからの起動できたのですが。ただ、外付けから起動するためには、ubuntuをEFIブート対応にしなくてはいけないので、インストールDVDからの直接インストールではできなかったかも。ubuntuそのものは、いまならEFIブート対応になってると思います。ただ、外付けから起動するためには、OSX用のブートローダに変更したり、色々変更が必要かもしれません。