返信が遅れて済みません。
本来であれば、不具合の無い状態でアップデートするのが理想ですが、OS X Yosemite(10.10.4)アップデートの
「Safari で JavaScript に関する警告が繰り返し表示されてその Web サイトから移動できなくなる問題を解消」の
文言から、既に発生している状態の不具合を解消するアップデートの様に思います。
( Web サイトから移動出来なくなるのと、「Safari」が開かないのとでは症状が異なりますので、アップデートで
改善されるかどうかは、分かりませんが・・・)
まず、アップデートの前に、「Safari」に「機能拡張」等をインストールしている場合は、下記リンクを参考にして
一旦アンインストールして、同様の不具合が発生するかどうかを確認して見て下さい。
対応していない他社製のアドオンによって Safari が予期せず終了したり、パフォーマンスの問題が発生する - Apple サポート
原因切り分けの為、「セーフモード」で起動してログインした場合に同様の症状が発生するかどうかを確認(確認後
「」メニュー >「再起動」)し、新しいユーザアカウントを作成してログインした場合にも、同様の症状が発生
するかどうかを確認して下さい。
(「セーフモード」で起動してログインした場合、表示や動作が極めて緩慢になりますが、不具合ではありません)
Mac の起動を完了できない場合にセーフモードを試す - Apple サポート
OS X Mountain Lion: 新しいユーザアカウントを作成する
初期設定ファイル削除
削除したファイルのパスは具体的に何でしょうか? また、削除して直ぐに、「」メニュー >「再起動」で再起動
されましたでしょうか?
(※ OS X Mavericks(10.9.x)以降では、初期設定ファイルを削除後に、再起動しないと設定は初期化されません)
削除したのが「~/Library/Preferences/com.apple.Safari.plist」や「~/Library/Caches/com.apple.Safari」フォルダで、
削除後直ぐに Mac の再起動を行っている場合は、下記へ。
【「セーフモード」で起動時には改善せず、新しいユーザアカウントを作成してログインした場合には改善する場合 】
他に何もアプリケーションを起動させていない状態で、「Finder」>「option」キーを押しながら「移動」メニュー >
「option」キーを押しながら「ライブラリ」>「Safari」フォルダをデスクトップ上へドラッグして退避させ、直ぐに
「Finder」を閉じ、「」メニュー >「再起動」で Mac を再起動させ、「Safari」を起動して見て下さい。

改善されない場合は、他に何もアプリケーションを起動させていない状態で、新規作成された「Safari」フォルダを
「ゴミ箱」へ入れ、デスクトップ上へ退避させた「Safari」フォルダを元に戻し、 Mac を再起動させて下さい。
【「セーフモード」で起動時にも、新しいユーザアカウントを作成してログインした場合にも改善しない場合 】
下記リンクを参考にして、OS X を再インストールして見て下さい。
(システムが上書きされるだけですので、ユーザのデータや設定等はそのまま残りますが、念の為、「Time Machine」
等でバックアップを取ってから行って下さい)
OS X Yosemite: OS X を再インストールする