失礼します。
私も、はにさんやnecotaさんと同様の方法を採用してます。(Yosemite 10.10.5)
PDF on Safari
通常は、環境設定でAdobeのPDFプラグインは「開かない」にしておいてデフォルトのSafari組込みの機能を使用。
この方法だと、Adobe アプリの更新でプラグインが更新/再インストールされても動作に影響はありません。
なお、必要になったらその都度サイトごとに設定、もしくは一時的に「許可」にするつもりでしたが、実際には右クリック(control+クリック/二本指タップ)でダウンロードしてからビューア アプリを使用して済ませてます。(場合によってはターミナルからcurlでダウンロード)
PDF on OS X
デフォルトは「プレビュー」に設定。別のアプリケーションで開きたい時は右クリックの「このアプリケーションで開く」から選択。
なお、
PDFファイルを開くデフォルトプログラムが、Preview/OSX -> Adobe Reader DC へと
優先権が移ってしまい、PDF文書全体を乗っ取られてしまったという状態。
とのことですが、インストール後、Readerを起動したときに以下のようにデフォルトをReaderに変更するか尋ねてきますが、その時に「はい」(デフォルトの選択肢)を選びませんでしたか?

「次回から表示しない」にチェックをいれて「いいえ」を選べば、変更されることも無い(はずです)し、Reader起動のたびに煩わされることもありません。
以下、本題からは外れますが、
旧Reader
以前のAdobe Readerもバージョン10以降であればまだセキュリティアップデートという形でサポートされているようですね。(多分、最新版は今年7月の10.1.15および11.0.12)
App Store
Adobeに限らず、App Storeを選択せず独自の配布手段を採用しているところは少なくないと思います。
理由は様々でしょうが、個人的な印象で言えば、App Storeができる以前からそれなりに知られて元々オンラインでの配布・販売を行っていたところだとその傾向が強い感じです。
以上、長々と失礼しました。