失礼致します。
どうやら、OS X El Capitan(10.11.x)の目玉機能の一つである「Split View」の「オーバーレイサイドバー」の為の仕様
の様です。
【 OS X El Capitanでの進化 】
http://www.apple.com/jp/osx/all-features/

残念ながらフルスクリーン時にマウスポインタを画面上端に置くとメニューバーが表示されるのと同様に、フルスクリーン
時の標準の機能として取り込まれていますので、この機能を「オフ」にするのは難しいと思います。
どうしてもこの機能が邪魔な場合は、フルスクリーンではなく、「option」キーを押しながら「Safari」ウインドウ左上の
緑(ウインドウ最大化)ボタンをクリック、或いは「Safari」ウインドウ右端をドラッグして画面一杯に広げて使用する
しか無いと思います。
(事前に「Dock」の仕切り線(「ゴミ箱」とアプリケーションアイコンの間に有る線)を右クリック >「Dock 環境設定」
で、「Dock を自動的に隠す/表示」の項目にチェックを入れて置く必要が有ります)

また、どうしてもフルスクリーンで使用する必要が有る場合は、「Dock 環境設定」の「画面上の位置」で「Dock」の
表示位置を「左」に設定して置くと、フルスクリーン時にマウスポインタを画面左端に置いても「リーディングリスト」
や「ブックマーク」のサイドバーは表示されず、「Dock」が表示される様になります。
「Dock」の表示面積は「リーディングリスト」や「ブックマーク」のサイドバーの最小幅時の表示面積の 1/3 程度です
ので、多少はお邪魔度が軽減出来るかと思います。