1週間ほど前から急に、Safariのブックマークの順番が崩れ、並び替えができなくなりました。
順番を入れ替えても、数秒後に元に戻ってしまいます。
お気に入り（ブックマークバー）、フォルダ内、フォルダ自身を移動しても全て並び順が戻ります。
特に法則なく並んでおり、なぜこの並びになったのか不明です。
iCloudで同期しており、iPhone 6s Plus、iPad Air 2で変更しても、同じように数秒後に戻ります。
システム環境設定の「iCloud」の同期を切れば、順番は維持されますが、再びONにすると戻ってしまいます。
各バージョンは全て最新で、MacはSafari 9.0.2、iPhone & iPadはiOS 9.2です。
iCloudが怪しいとしか思えないのですが、どなたかこのような症状になり、改善された方はおられるでしょうか？
MacBook Pro, OS X El Capitan (10.11.2)
iCloud.com からブックマークを復元するそうです（うまくいかない方もいるようですが）。
http://khtt.hateblo.jp/entry/safari-bookmarks
別の方法。Safari のブックマークを書き出して再度読み込みます。
iCloud データをアーカイブまたはコピーする - Apple サポート
Safari 9 (El Capitan): ブックマークと履歴をほかのブラウザから読み込む
（うまくいかない場合は読み込む前に既存のブックマークを削除してください）
iCloud.com からブックマークを復元するそうです（うまくいかない方もいるようですが）。
http://khtt.hateblo.jp/entry/safari-bookmarks
別の方法。Safari のブックマークを書き出して再度読み込みます。
iCloud データをアーカイブまたはコピーする - Apple サポート
Safari 9 (El Capitan): ブックマークと履歴をほかのブラウザから読み込む
（うまくいかない場合は読み込む前に既存のブックマークを削除してください）
私も一週間くらい前から並び替え・同期ができない現象が発生しました。
ブラウザからiCloud.comにアクセスして、アーカイブされたブックマークを復元
してみたのですが、結果としては復元できたブックマークの数は全体の半数に
満たない程度で、アーカイブされた日が一番新しいものを復元してみたところでは
復元できた数はゼロでした。
つまり、ほとんどアーカイブされていないんです。
それに、MacとiPhoneで復元された内容が異なり、メチャクチャです。
今のところiCloud Driveやメモの同期、Handoffについては正常に作動しており、
ブックマークだけ障害が発生しているような気がします。
しかし、システム状況を見る限りはシステムダウンしている様子はありません。
似たような現象は今年初めにEl Capitanを再インストールした時にも現れ
数時間後に正常に同期が完了しましたが、今回はしばらく続いているので
どうにもできないお手上げの状態です。
さきほど、よくわからないけど直りました。
iPad miniのブックマークは元々はiPhone6から同期によるもの、さきほどiPad miniもiPhone6もネットに繋いだ状態にしてみたらiPhone6のブックマークが回復するかな？と思ってやったがダメ。
iPad miniは並び崩れず、iPhone6は相変わらず並び替えても崩れる。
なら、一度iCloudのSafariをオフにしてiPhoneのブックマークも残さず削除を選んで、再度結合してみたがダメ。
やっぱ何してもダメか、とiPad miniをネットから切り離し、iPhone6でネットサーフィンしてたら、いつの間にかiPad miniと同じ並びに直ってました。
意味不明です。
やっと解決しました！
Rondo 1さんのご提案されたことも，その他様々なことを試しましたが，一向に解決されずにいました．
思い切ってメインPC内でブックマークを整理することにしました．
うまくコントロールできなくなってしまった「お気に入り」フォルダーの他に，「BookmarksBar」が２フォルダー，「BookmarksMenu」が２フォルダーあり，「BookmarksBar」フォルダーの一つが元々使用していた並びの状態にあったので，これ以外の全てのフォルダーと「お気に入り」フォルダーの中身の全てをまず消去しました．そして，残しておいた「BookmarksBar」フォルダーの中身を「お気に入り」にまるまるコピペして見ました．
メインPCはMacMiniですが，その他にMacBookとiPhone6も一緒に並べて確認しながら作業を進めました．
まず消去作業中にバラバラだった他のものも全てバーが空になりました．
その後，コピペしたところ，全てが一気に元に戻り，完全に一致しました．
その後は今まで通り，新しい項目を追加しても，ちゃんと「お気に入り」が全ての端末で同期して反映されるようになりました．
お困りのみなさまも，まず複数のPCのブックマーク内を一度確認されて見て，紛らわしいフォルダーが多数見られた場合，整理されて見ると良いのかもしれません．
自己レスです。自力で直りましたので、書いておきます。
他の方の解決方法とよく似ています。
・ファイルから「ブックマークを書き出す」をする。
・Mac側のブックマークを全て削除する。
ここで不思議な現象が起きたのですが、消去すると復活してくる症状がありましたが、気にせず消し続けました。
・iPhone、iPad側でもブックマークが無くなっていることを確認。
・Mac側で先ほど書き出したブックマークファイルを、ファイルから「読み込む」→「ブックマークのHTMLファイル」で読み込む。
・フォルダで読み込まれているので、「お気に入り」など、今まで使っていた場所にファイルを移動させる。
以上で、直りました。
かなり力技ですが、一度、ブックマークを空にしたのが良かったのかもしれません。
私もiMac MacOSX10.10.5でサファリ（9.0.2と9.0.3）ブックマークがおかしいです。
気がついたのは2015／12から。
時々動作が変だったけれど、今は必ずです。
今の現象は、移動できない、削除できない 名前の変更できない です。
（実際にはできてもすぐに元に戻る）
アレコレを良く考えずに思いつくままに、いじったのでまとめて書けませんが
ブックマークを削除すると、icloud側からロードされるのですが
iCloud側に保存されているものは不完全なものなのか（フォルダはあるが中身が空か数件のみ）、
復元されたそれは削除も移動もできないゾンビ状態。と言ったところ。
（iCloudで復元をしたけれど・・・ iPad側は復元した古いものに同期されましたが
iMac側はゾンビに）
bookmark.plistをタイムマシンから戻すと、
復元するが、icloudから戻された上記bookmarkhaはゾンビ状態のまま。
それ以外の物は変更できる。
と言ったところ。
システム再インストール覚悟で、bookmark.plistをXcodeでいじったら
ゾンビは消せたので、アレコレbookmark整理をしてから
1時間くらい置いてiPad側で一度icloudを抜けて（ブックマークを削除選択）して
再度ログインすると、今度はiPad側がゾンビだけになりました。
だいぶ時間を浪費したのでもうやめますが、
時間が経つと自然に治ることを期待しています（笑）
もう一度復元すると良いのかな？
iCloud側にあるものを目視できないから今日はやめておきます。
失礼致します。
1）サポートに相談して解決したとの報告もありますよ。 → Safariのブックマーク | Apple サポートコミュニティ
2）こちらの情報も確認してみるとどうでしょう？ → iCloud：連絡先、カレンダー、リマインダー、およびブックマークの制限 - Apple サポート
わたしも同じ状態です。リーディングリストも使えないので、とても不便です。
Rondo_1さんの方法、スキルが低いので、ちょっと恐い（笑）。
＞iCloud.com からブックマークを復元する
＞http://khtt.hateblo.jp/entry/safari-bookmarks
↑ここに何も書いてないのですが、具体的にどうしたらいいのか、教えていただけると幸いです。
全く同じ状況です。
設定でiCloudの同期をいったんオフにして再度同期させてもうまくいきません
同じように1週間から10日位前から発生しています
サポートと電話で話しをし、リモートで画面を見ていただきました。
下記のようなことも行いました。
・システム環境設定の「iCloud」のサインアウトをし、Mac、iPhone、iPadの再起動後、サインイン。
・Macで新しいアカウントを作成して、「iCloud」にサインイン。
両方ともNGで、結果、案件の預かりとなりました。
年末年始に引っかかりますので、Apple側からの回答は、年明けになりそうです。
私も全くの同じ現象です。
お気に入りバーに登録しているブックマークを入れ替えても、数秒で
元に戻ってしまうのです。
そして今日、サポートに電話してみました。
まだ原因がわかってないらしく、回答は年明けになるとのことでした。
数日前からなので、クライアント側の問題ではなく
サーバ側のiCloudのブックマーク同期がおかしくなってるんだと思います。
やはり、iCloudのブックマークの同期としか思えませんね。
同じ問題を抱えている方も、他にも多そうな気がします。
私も同じ症状です、iCloudからブックマークを復元しようとするとブックマークの多くが消えていました。なんどやっても同じでした。
同じ人がいて良かった
iCloud側で、Safariのブックマークを上書きするような動作をしているので、サーバ側の問題だと思います。
付け加えるとリーディングリストも消せなかったり、追加できなかったりしています。
この辺も原因は同じなんだろうけど、早めに何とかして欲しいところ。
しかし直ったとしても競合とかで何かおかしくなっていそうなのがこわい。
ブックマークの並び替えができない。
