シェルスクリプトを実行するとTerminalの環境設定が変わる

ディレクトリーユーティリティで指定するとどうでしょう？

ディレクトリーユーティリティは、システム環境設定＞ユーザとグループで左下の鍵マークをクリックして管理者パスワードを入力してからログインオプションをクリック、ネットワークアカウントサーバの接続ボタンをクリック、出てきた窓で、ディレクトリーユーティリティを開くをクリックでディレクトリーユーティリティが開きます。

ここで、ディレクトリーエディターをクリック、表示をUsersにして問題のアカウントを左欄から選択します。すると右欄にユーザ設定が出てきます。この中に、UserShellがあり、ここで設定できます（内容を編集するには、再度、上にある鍵マークをクリックして管理者パスワードを入力する必要が有ります）。

また、この変更を有効にするためには、一旦ログアウト、再ログインする必要が有ります（多分）。

当方の環境 (Mac OS X 10.6.8) では問題なさそうです。とりあえずは Terminal の環境設定ファイルを削除してみてはどうでしょうか？

~/Library/Preferences/com.apple.Terminal.plist

その他に試すとしたら

・起動ディスクの検証とアクセス権の修復

・別のユーザで試してみる

・ウイルス対策アプリを止める (使ってるなら)

・~/.tcshrc を削除してみる (使ってるなら)

それと、起動ディスクの空き容量が少なくなり、その旨の警告ダイアログが表示されると、Terminal 他いくつかのアプリの環境設定ファイルが勝手に削除される...というのを Mac OS X 10.5 で数回経験しました。10.6 でも同様なのかは分かりませんが、空き容量を確認するのも良いかもしれません。