10.11.3にしたらアプリケーションが破損しているか不完全だとのメッセージが表示されます

すべてのアプリが動かないとはすごいですね。

10.11.3をクリーンインストールして、そこにtimemachineのバックアップを戻してみる（正確には、戻すのではなくて移行になります）とどうですか？

10.11.3のインストーラもダウンロードし直した方が良いかも。

すべてのアプリケーションが開けなくなって、

Finder すら起動できないのでしょうか。それともアプリケーションフォルダ以下、あるいは Launchpad に登録されているアプリケーションのみが起動できないのでしょうか。Macintosh HD 直下の /System/Library/CoreServices/Applications/ にあるアーカイブユーティリティなども起動できないのでしょうか。アプリケーションをデスクトップなどに複製したものでも起動できないのでしょうか。Spotlight は機能するのでしょうか。

もしかして、SafariなどをHDD直下の「アプリケーション」フォルダの外へ移動させたか、「アプリケーション」フォルダ内にサブフォルダを作って整頓したりしていませんか？

これらを行っていないなら、このコメントは無視してください。

当方も同じ症状で困っています。

最初、10.11.2に、ダウンロードした10.11.3アップデートをかけたら当該症状になったため、Time Machineで10.11.2に戻し、正常動作を確認してからリカバリーモードで再度10.11.3にしたところ、やはり同じ症状。

Finderの動作が異常に遅くなり、起動時に立ち上がるべきアプリが立ち上がらず、「アプリケーション」フォルダを開いても「ユーティリティ」フォルダのみが見えて他が一切表示されません（タイムショックインジケーターは回りっぱなし）。アップルメニューからシステム環境設定を呼び出したら「壊れている」旨のダイアログが出て起動不可能、ドックから幾つかのアプリを立ち上げてみたところ同様のダイアログが出、一度それが出るとドックのアイコンが汎用アイコンになる…。

仕方なくもう一度Time Machineで10.11.2に戻して使っています。

iMac 5K Retina (late 2014) El Capitan 10.11.2

クラウドサービスをオフにすると少しは改善しませんか。どうもネットサービスにリソースを食われ、Finderへの割り当てが激減している感じ。特にadobe CCはオフにした方が良さそう。私のところではということですが。

先ほど、再トライしました。

10.11.2環境でセーフブートを行い、AppStoreから10.11.3のフルインストーラをダウンロードして、現行の10.11.2環境に上書きインストールを行いました。

症状は再発しませんでした。この返信も10.11.3環境から記入しています。

他にしたことは、xyさんの意見に従いDropboxの自動起動を切ったぐらい（Adobe CCは入れていません）ですが、その後自動起動をオンにしても症状は出ませんので、関係ないかもしれません。

AntiVirusに関してはAvastを入れていますが影響はないようです。

何が原因で件の症状が出て、何の対処によって正常インストールできたのか、さっぱりわかりません。

お役に立てず、申し訳ありません。