quicktime playerで動画の回転ができません

QuickTime Player については他の方のコメントを待つとして、とにかく回転したい...ということであれば、他社製アプリの VLC を使う手もあります。

VLC

http://www.videolan.org/

ファイルを VLC で開き「メニューバー > ウィンドウ > ビデオエフェクト... > ジオメトリ > 変換」とすると、回転します。

システム環境設定「ユーザとグループ」で新規にアカウントを作成して試してみてください。それとどの動画でもダメでしょうか。

念のためアンチウイルスアプリケーションをお使いでしたら止めてください。

OS のバージョンは何でしょうか。それと回転の選択そのものはできるということですよね。