同期後、曲がありません、と表示される。

pcをDVD起動して

pcと書かれるとPC/AT互換機かと思ってしまいますが、Macですよね？（まぁ、最近はコンピュータの略称としてPCって使うようになってきたようですが…、私はやはり、まだ、MacとPCだな…。略称はパソコンだし…。）

で、ディスクの修復は起動ボリュームにはかけられないので修復したいボリューム以外から起動ですが，アクセス権の修復は起動しているボリュームにかけるのが普通です（今はアクセス権の修復を行っているボリュームの情報を見に行ってくれるようですが、以前は起動ボリュームの情報を見に行って、その情報でアクセス権の修復をかけているボリュームを修復したりしていたので、原則、起動しているボリュームで行うという慣習になってます。）

＃Tigerですね？なら、起動したボリュームにアクセス権の修復をかけるべきかと思います。通常起動して、HDDの中にあるディスクユーティリティで、起動しているボリュームに対してアクセス権の修復を行う。

iPodは再フォーマット済み。

これは復元（工場出荷状態に戻した）ということでしょうか？

同期後「曲がありません」と表示。ディスクチェックすると容量は消費してますiTunesに接続すると、その他のファイルとなります。

なら、もう一度復元をしてみるとか、場合によってはディスクユーティリティでフォーマットし直し（できれば0書き込みのオプション付きで）とかですかね…。