isoftbank.jp Eメール(i) ですね。
以前使っていました。
繰り返しになりますが、iOS標準のApple社製メールアプリには「保護する・しない」の機能がありません。
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SoftBank よくあるご質問
http://faq.mb.softbank.jp/smart/detail.aspx?cid=75942&id=75942&categoryId=0&catParentName=&categoryName=
Q:[iPhone/iPad]Eメール(i)やメッセージの内容を保護する操作方法を教えてください。
A:iPhone/iPad にはメールを保護する機能がありません。
保護したいメールがある場合は、パソコンや他の携帯電話機宛にメールを転送し保護をお願いします。
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今の段階では状況が全くわかりませんので、どのアプリでどんな操作をして”保護した”のか詳しくお書きになると、何かわかってくるかもしれません。
上記SoftBankのリンク先にありますように別のメールサービス(メールサーバー)に転送していたのでしたら、そちらの転送先を確認されてはいかがでしょうか。
>iCloudにもバックアップを取っていたのですが、何故かiCloudは全てのメールデーターが消えていました。
iCloudにメールの設定はバックアップされますが、メールメッセージはバックアップされません。
i.softbank.jpはmapメールですから、バックアップから復元した時に設定を元にあらためてサーバーに読みに行きメールメッセージが戻ってきます。