セキュリティアップデート 2016-001 検証できない
10.11.6用のセキュリティアップデートは何度試みても検証できないとして途中で止まり、インストール未完了となります。
Mac Pro (Mid 2010), OS X El Capitan (10.11.6), MacBook Proも同様
Safe Boot して、その状態でアップデートするとどうなりますか。
返信: 28
Safe Bootでも同じです。
k下記リンク先からダウンロードして試すとどうでしょうか。
ファームウエアのアップデートも含まれているらしいので、周辺機器を取り外した状態でインストールするのが良いみたいです。
アップデーターはここからもダウンロードできます。
Mac Proをお使いのようなのでご参考までに
カーネル権限の脆弱性を修正した「セキュリティアップデート 2016-001 El Capitan」適用後、NvidiaのWebドライバが壊れる不具合。
http://applech2.com/archives/20160902-security-update-breaks-nvidia-driver.html
返信が遅れました。まずMacBook Pro Retina（Mid 2012)でこのサイトからのアップデーターを用いたところ、インストールできたのですが、起動後に画面が黒くポインタのみが見える状態となってしまいました。結局、タイムマシンよりインストール前の状態に復元しました。実は、Mac Pro 2013およびMac Book Air (Mid 2013)は問題なくアップデートできています。また、9月3日になって同じくインストール未完了であった家族が使っているMacBook Air(2011)等が自動アップデートができるようになりました。なお、ESETのリアルタイム保護を外した状態です。そこで、再度、MacBook Pro（2012）およびMac Pro（2010）で自動アップデートをかけたところ、インストールが完了したのですが、スタートアップのユーザー名がでた画面でカーネルが回転したままの状態となりました。やむなく、リカバリーからOSを再インストールして、これからどうしようかという状況です。
返信が遅くなりました。Mac Pro（2010）はPCIe接続のSSD（外付けとして認識）を起動ディスクにして、USB3ボードも取り付けているので、ご指摘の可能性はあるかも知れません。ただ、別の返信のようにMac Book Pro（2012）も同様の状況です。
お知らせありがとうございます。確かに、グラフィックボードを一時GeForce 750Tiに換装し、今は、元のRadeon HD 5770に戻して使っていますがNIVDIAのドライバーは残っており、その可能性もあるかも知れません。別の返信のようにMacBook Pro（2012）もほぼ同様の状態なのですが、OS再インストールの前の段階でMac Pro（2010）については、スタートアップの読み込みの状態でとまってしまいました。なお、グラフィックボードはまた、OSを再インストールしまし、NIVDIAのWebドライバーでそのまま動いています。
複数の端末で同時に発生しているというのが気がかりではありますが、
一度OS Xを再インストールしてみるというのも手かもしれないですね。
OS X を再インストールする方法 - Apple サポート
この手順、ネットワーク越しにOS Xの最新版を落としてくる手順なので、かなり時間かかるので、余裕のあるときにでも。
macOS Sierra もおそらくもうすぐですし、どこかで綺麗にしてあげたほうがいいかもしれません。
Mac Book Pro(2012)とMac Pro(2010)はOS再インストール後のバックアップ中です。システムを入れ直すとさすがに時間がかかりまだ10時間以上の表示が出ていますが、バックアップが終了すれば再度セキュリティアップデートを試してみるつもりです。Mac Pro（2010）は色々と換装しているのでその影響かも知れませんが、Mac Book Pro(2012)がなぜうまくいかないのか少し不可解です。SE/30とPowerBook140（稼働しなくなりましたが保存しています）以来のマックユーザーで、OSが対応する限りはMac Pro(2010)をメインで使いたいと思っています。
私のところで10台9種のMac でアップデートに異常は起きていないので、2台でアップデートできないとなると何か原因がありそうですね。
アップデートに成功した中にMacBook Pro(Retina, 15-inch, Mid 2012) も含まれています。
今、MBP2009（OS X 10.11.6）でアップデートをしましたが特に問題はありませんでした（所要時間は５分程）
ただ、問題も起きてるようなので、念の為WiFiではなく有線接続でのアップデートです（タイミングによってはダウンロードに時間がかかるので）
問題が起きているわけですから一度に複数のアップデートをせずに、面倒でも一台ずつアップデートしたほうが上手くいく可能性もあるかと。 それと可能なら有線接続のほうが良い場合もありそうですし。
関係ないのですが、Safariのアップデート(9.1.3)はセキュリティーアップデートに含まれてるのですね。
少々、ビックリしました（笑）
アップデータを事前にダウンロードした方がいいかもしれません。
今回は第三者機関も勧告しているようなので、タイミング次第ではダウンロードそのものに時間がかかる（400MB程度なのですが）ことも予想できるので、そのほうがスムーズだと私も思います。
ただ、スレ主さんはその方法でも上手くいかないようですので、何処で問題が起きているのか気になるところです。
返信が遅くなりました。9月2日頃には自動アップデートでのダウンロードが途中で止まることもありましたが、3日からはアップデーターのダウンロードとインストール自体は問題なくできるようになりました。ただし、スレッドとは異なりMac Pro（2010）、Mac Book Pro(2012) の問題としてセキュリティアップデートした後の起動がうまく行かないという状況です。
セキュリティアップデート 2016-001 検証できない