SierraのApp Storeがアップデートを表示しない

おそらく、Appleのサーバー側のトラブルだと思われます。　購入済みのタブからでもアップデートできますよ。　こちらのスレッドが参考になると思います。　→　アプリ又はOSのアップデートが出来ない

そうですね。　通常は、App Storeの購入済みタブには、システム関係のアップデートは表示されないのではないでしょうか（はっきりと確認したわけではないです）。　私の場合は、6個のアップデートがあって、購入済みのタブから5個アップデートできました。　残りの1つが不明だったのですが、しばらくすると、アップデートの赤い数字の表示が出なくなったので、それがシステム関係（iTunes.app?）のアップデートだったのかもしれません。

私（Sierra 10.12.1）も同様でしたが、一向に改善されなかったので試しにシステム環境設定／App Store／「新しいアップデートをバックグラウンドでダウンロード」をオンにしてみました。結局、数時間経過した後にやっと通知パネルが表示され、全てアップデートが完了できました…。

サーバー側に原因があって，ユーザー側の設定ではないのだと考えています．

そのようですね。Apple らしからぬ？現象でした。ただ、私の場合 Sierra 限定のようで El Capitan、Yosemite では概ね問題なくアップデートできました。

やろうと思えばsoftwareupdate コマンドでダウンロードできたのかもしれないですね。やる必要があるのかは不明ですが。iOS のダウンロードも昨日の夜から今日の昼にかけて3 割程度しか成功しないので、そこらへんと合わせてトラブっているのかもです。