Magic Mouse2でスワイプが逆方向に動きます。

ナチュラルのチェックはスクロール（上下移動）の設定なので今回は関係ないと思います。

新品で購入されたのは、MagicMouse 2ですか？ それともiMacですか？

「アップグレード等していない」とお書きなのでiMacとそれに付属するMagicMouse 2の話かなと推測しているのですが。

私は高度なサポートはできませんが、思いつくところで

・Bluetoothのオフ→オン

・MagicMouse 2の接続のやり直し（MagicMouseをBluetoothから削除すると入力デバイスがキーボードだけになるのでマウスをもうひとつ用意した方がいいと思います。ちゃんと動けば古いものでもいいので）

・Macの再起動

・セーフブート（shiftキーを押しながら起動する方法。これで正常に動作するようならもう一度普通に再起動して様子を見ます）

・ソフトウェアアップデート

ソフトウェアアップデートを先にして（OSの状態を最新にして）からトラブルシューティングをした方がいいのか、先にトラブルシューティングをした方がいいのかは、私には判断できないので…ただ、購入されたばかりだとOSはSierraのはずなので、ソフトウェアアップデートは先にしても問題はないと思います。

システム環境設定の＜トラックパッド＞の＜スクロールとズーム＞タブの＜スクロールの方向：ナチュラル＞のチェックが外れていませんか？

こんにちは。

「スワイプ」ですよね。左方向（戻る）のページに移動するには逆方向（右）にスワイプするのですが、そういうことじゃなくて？

「戻る方向にスワイプすると進む」というのは、文字どおりに解釈すれば正常な動作のように思いますが。

「2本指で左右にスワイプ」と「1本指または2本指でスワイプ」とは方向が逆です。右にスワイプで戻るのは「1本指または2本指でスワイプ」の方です。