Finder カラム表示で名前順にソートされない

Finderで「表示」メニューから「表示オプションを表示」してみてください。

「並び順序：名前」で「表示順序：名前以外」になっていませんか？

色々なファイルやフォルダーが混ざったフォルダーにて、「並び順序」を「名前」「なし」以外にすると判りますが、「並び順序」というのは分類方法を選択するものです。その各分類およびその中の表示順を指定するのが「表示順序」です。したがって単純に名前順で並べたい場合は「並び順序」を「名前」または「なし」にして、「表示順序」を「名前」にします。わたしは「なし」「名前」をデフォルトに設定しています。

追記：これはアイコン表示でもカラム表示でも同じです。「並び順序」に「名前」という選択肢がなければ迷うことは少ないと思うのですけどね。

手元のはまだEl Capitan ですが、カラム表示にしても番号順に並んでます。

バグとか仕様ということはないと思いますけど、、、

何かファインダーの動作を変えるようなツールを利用してたりしませんか（過去に利用したとか）？

一度、外付けHDDにでもクリーンインストールしたシステムを用意して問題のファイルの並び順がどうなるか見てみると良いと思います。

私のところでは名前順で並びますね。なので仕様やバグではなさそうです。 macOS Sierra 10.12.2