こんな感じでは?
プライマリ:本来のID(IDはそもそも一つであるべき)
エイリアス:プライマリであるIDの代替(影武者)として通用するID(一つであることの不便さを緩和する措置かな)
誰かがエイリアス宛にiMessageでメッセージを送信したら、プライマリに設定されているApple iDの端末にそのメッセージが届くんじゃなかろうか。
ここでは、メールアドレスとは考えないほうが理解が容易かも。
キャリアのメールアドレスをApple IDにしておくのはトラブル満載なので、この機会に変更しといたほうが良いのでは?停止するならなおさら。