二台の iCloud アカウントを一つのアカウントでまとめているのですが、一つのアカウントで管理している場合のメリットデメリットを教えていただきたいです。

一つのアカウントを2つのデヴァイスに設定するメリットは、2つのデヴァイス間で同じ情報を同期できるということで、iCloudの最大の特徴と言えるのではないでしょうか？　情報を同期するのであって、他者と共有する訳ではありません。　iPhoneを使っている場合でも、Macを使っている場合でも、同じ情報にアクセスできます。　Macを持ち運ぶよりもiPhoneを持ち運ぶ方が簡単で、iPhoneを使っている時に編集した同じ情報をMacからも簡単にアクセスできたり、Macで編集した同じ情報をiPhoneからも簡単にアクセスできます。　連係機能もとても便利です。　

　→　連係機能を使って Mac、iPhone、iPad、iPod touch、Apple Watch をつなぐ - Apple サポート

デメリットとしては、Apple IDを複数持っていて、別々のIDでアプリやiTunes Storeのコンテンツを購入している場合は、各デヴァイスのApp StoreやiTunes Storeには複数のIDを登録できないので、とても管理が面倒になるということでしょうか。　

人によるのですが、最大のメリットは大概勝手に共有されることです、最大のデメリットは、デフォルトでなんでも共有になることです、

基本的に一つのIDで複数のデバイスを管理する様に設計されているので、別にしてしまうと、写真や購入した楽曲の共有が面倒になります。（不可能ではないけど…）

写真などはフォトストリームで自動でMacに保存されるので、重宝しています。

IDを複数持つと管理も面倒になるし、トラブルも多いのでオススメはしません。

ちなみに私は一つのIDで5台のデバイスを管理していますが特に不具合は感じていません。