５分ほど使用すると熱がすごいことになります。

>何が原因でしょうか？

原因は様々ですが、その手がかりを得るためには、ユーティリティー内のアクティビティモニタアプリを使用します。

CPUのタブを見れば、CPUを専有しているプロセスとその専有%が表示されます。

まずはこれを調べ、どのようなプロセスがCPUを使用しているか調べてください。

また、標準以外に自分でインストールしたアプリを書いてもらえれば、原因究明の手がかりになります。

>そこまでパソコン自体にデータを多く入れているわけではない

発熱とデータ量(ストレージの使用量)は無関係です発熱に関係しているのはCPUなどの処理量です。

>ウイルスが入ることにより、熱がこもることなのはあったりするのでしょうか。

ウィルスがバックグラウンドで動作することで発熱量が増加することはあり得ます。ただし、熱のこもりはハードウェアの問題なので、ウィルスは無関係です。

なお、最近のPCは処理量が増えて発熱が増加すると、自動的に処理速度を落として熱暴走を防ぐ仕組みとなっています。したがって、発熱に伴って速度が落ちるのは正常です。

とりあえず、アクティビティモニタを起動した状態で、使用してみて下さい。

その上で、高温になったり、動作が遅くなった際に、どのアプリがCPUを多く使用しているのか、メモリを多く占有しているのか、ネットワークを頻繁に利用しているのか、アクティビティモニタで確認してみて下さい。

また、ウイルス云々を気にしておられるようですが、そうであれば、まずはウイルス対策ソフトを導入してみては？

ウイルスに感染した覚えがあるのなら、さっさと除去したほうが良いですし、感染したかどうか判断出来ない場合は、尚更、導入を検討したほうが良いです。

SMC のリセットをしても改善が無い場合はApple のサポートに連絡して見て下さい。

Mac の SMC (システム管理コントローラ) をリセットする - Apple サポート

私が店頭で3 分程度CPU 全開で確認した際には「すごいこと」にはなりませんでした。この手のMac の加熱は感じ方に大きな差がありますが、ほんとうに凄いなら異常です。