8131GNH 様、こんにちは。
iOS 10.0.1以降のバージョンから「(PCやMacのiTunes側で)曲ごとに設定した音量調整やイコライザーの設定が(iOSデバイスに音楽同期しても)音楽再生において正しく反映されない」という不具合が発生しているようです。
私もAppleサポートに(マイナー・アップデートのたびに何度か)相談・確認をしましたが、「不具合については(Appleのサポート・エンジニア側でもすでに検証・把握しているみたいですが…)次回のアップデートで改善されるのをお待ち下さい。」という回答の繰り返しです。
こんな感じで、不具合検証用のプレイリストを作成して、あれこれ(イコライザ設定でプリアンプの音量調整も)やってみましたが、残念ながら(カスタマイズした)イコライザ設定も反映されないので、ダメでした(泣)




残る手段としては、iTunesの「環境設定」→「再生」タブ→「□音量を自動調整」に「チェックを入れる」ことで、iTunesライブラリ全体の再生音量を均一にする方法もあるのですが、私の場合は iTunesライブラリに約8万5千曲もあり、相当な時間がかかることと(あくまで個人的に感じる…印象として)音質面で低下することが経験則的にわかっているので、実際には行っていませんが…(iTunesライブラリの楽曲数があまり多くなく、また「音楽再生の音質」にそれ程こだわらないのでしたら「□音量を自動調整」に「チェックを入れる」ことも方法として「あり」かもしれません)。

※念のため「□音量を自動調整」は「チェックを外せば」…また「元の再生音量」の状態に戻ります。
※ちなみに(私のiPadは、iOS10.3.2 verですが…)うちの嫁のiPhone 5sは、いまだにiOS 9.3.4 バージョンで、曲ごとの音量調整やイコライザーの設定が正しく反映されて、キチンと聴くことができますね(汗)
「これだ!」という解決策をご提示できなくて、申し訳ありませんが、(私の場合は…)とりあえず「今後のアップデート」で改善されるのをじっと待つしかないようです(泣)