numbers 同じ値の個数

> COUNTIFS関数では①をすることができず、

そんなことはないと思うけど。スマートに同じシート上の一つのセルだけで済ますとかはできないかもしれませんけど、計算専用の別シートを組み合わせれば問題なくできます。

X、Yは整数値（Yは２倍するとかして）しか取らないのでしょうか？

誰でも思いつきそうなのは、X、Yの最小値を出して、あとは、それを１づつ大きくしていって、COUNTIFSで、それに対応するYの値をカウントすれば良いのでは？ちょうどグラフ化されてるのをそのまま別表にするという感じです。データが多いと（時間的に）大変かもしれないけど。でも表計算はセルの相対参照と絶対参照をうまく組み合わせれば、コピー＆ペーストだけで計算を拡張できるので、意外と簡単だったりします。

また全体でデータ数はどれくらいを想定するのでしょうか？10^6とかあるのですか？あまりに多いと、NumbersとかExcelで対応すること自体が無理になるかもしれません。おそらく、10^6とかデータがあるなら、表計算での対応は無理かもしれません。その時はperlとかで対応する方が簡単にできたりします。

> やはりCOUNTIFSの場合、そのように、あるXの値に対してYの値を全て記述する方法が有力

有力とかそういうことではありません。提示された例が整数の値なので、そうしただけです。値が小数にもなるなら、値の範囲を数えるようにすれば良いだけです。COUNTIF/COUNTIFSに書く条件はIF関数と同じで、状況に応じてどのような条件にでもできます。

なんか、最初の質問に出された例から条件をどんどん変えられてますが、そういう質問の仕方は、後出しジャンケンみたいに感ぜられて、嫌われます。読み手も答える気がしなくなります。

追記：　例えば、xとyとが、0から10までの連続変数（Table2）で、2の幅を持つ階級毎に分割表（Table3）を作る場合は、以下の様に集計できそうです。　はにさんのコメントにある様にCOUNTIFS関数を使用しています。

どのように数えたいのかもう一つ良くわかりませんが、複数の条件を満たすデータの数をカウントできるCOUNTIFS関数で数えられるのでは。データがどれくらいあるのかわかりませんが、少なければ、特定の組み合わせを満たす数は１になってしまうのでは？普通は、分布を表示したいなら、あるデータの値の範囲に入る数を数えたいのでは？そうであるとしても、COUNTIFS関数で対応できます。

失礼致します。　分割表の様な集計でしょうか？　その場合、xとyの値は、それぞれ、カテゴリカルな変数になりますが（xは1単位で変化する、yは0.5単位で変化するとか）、そうではなくて、連続的に変化する変数でしょうか？　また、それぞれの値が取りうる範囲は決まっていますか？　例えば、それぞれ、0から10までの間に含まれるとか。　よろしければ、xとyの値が、どの様な現象の測定値になるのか教えてください。