Sierra再インストールについて

> 上記のOS X Base System しか選べず

OS X Base Systemというのは、6GB程度のインストーライメージをディスク形式に展開したもので、インストール先のディスクではありません。サイズは1TBあるということで、内臓ストレージと合うとのことですが、OS X Base Systemという名前がついてる時点で何かおかしいです。元々はFusionドライブとのことですが、Fusionは簡単には壊れませんが、システムのことをよくわかってないとどうなってるのかわからない状態には簡単になります。一度、Apple Storeにでも持ち込んで元の状態にしてもらうことをお勧めします（まだ購入後まもないなら、無料で対応してもらえると思います）。

> 上部メニューから「復元」をクリック → 完了

復元をやった時点で終わってます。復元というのは、正常に動くシステムボリュームを外付けHDDなどに丸ごとコピーする機能です（復元先のディスクは新しいシステムボリュームになり、起動します）。多分、インストーライメージ（OS X Base System）をMacintosh HDに復元したので、インストーラのディスクイメージがMacintosh HDに復元されたのではないかと思います（復元すると、復元先は復元元を同じ名前になりますので、Macintosh HDがOS X Base Systemになってしまったのではないかと思います）。

OSXをインストールするときには、ディスクユーティリティの復元の機能は利用しません。

もう一度、インターネット復元でインストーラを立ち上げ、そのディスクユーティリティでOS X Base Systemを消去してMacintosh HDに変えてからインストールすれば元に戻せるかもしれません。でも、フュージョンだとややこしいです（最初に設定したパスワードで暗号化されてるので、当分、最初に設定したパスワードは忘れないようにメモしておく必要があります）。

フュージョンなら関係ないかな？

インターネット復元はできるはずです。無線LAN に繋げばよいのです。ただ内蔵ストレージが消えていると言うことでしょうか。もしそうなら故障の可能性があります。その場合はApple Diagnostics を実施して見てください。その後、Apple に連絡を。

インターネット復元は文字どうりネットから復元します。内蔵ストレージが表示されているなら、それを消去してからインストールすればよいです。ただどうもお書きの内容を考えると内蔵ストレージが表示されていない気がするのです。その表示されいる物の容量は内蔵ストレージ分ありますか。

その容量なら内蔵ストレージは無事ですね。消去して再インストールできるはずです。なお容量はFusionDrive モデルを購入されたのではないですか。Fusion Drive だとそういう容量になりますが。

用語を揃えましょう。削除と消去では厳密には意味合いが違って来ます。

削除って具体的にどんな操作をしたのですか？

インターネット復元だと、ディスクユーティリティから「削除」でなく「消去」というのができないでしょうか。

「消去」ができないならパーティションというのを再作成する必要があります。

なおはに さんがお書きですが状態によってはApple に持ち込んだ方が早いです。

一番最初の書き込み以降、持ち込みの可能性を私も考慮しておりますが今のところは、持ち込まずなんとかなる可能性は残っています。