iTunesをバージョンダウンしたらデータが消えてしまった

iTunesをバージョンダウンしました。最新版ではブックスが使えなくなってしまったので、使える旧バージョンに戻したわけです。最新版をアンインストールして、旧（といっても今年８月のですが）をダウンロードしてインストールしました。

そして起動をかけたら何やら表示が出ました。最新版で作成したファイルがあるのでiTunesを開けられません、とかなんとか…正確な文ではなくうろ覚えですが。

それでそのファイルを削除したところ今度は起動できました。

その代わりPC上のiTunes画面からいっさいのデータが消えていました。iPadにはすべて残っていましたが。

そこでPC上のiTunes上にいろいろなファイル（ほとんどはPDFですが）を再アップしてiPadと同期させたら、それまでiPadにあった全データが消えてしまいました。再アップしたぶんは入ったのですが。

「それでそのファイルを削除したところ今度は起動できました」がいけなかったのでしょうか。削除するのではなく、ファイル名を変えるとかの処理をすべきでしたか。

今PCからiPadにファイルデータを入れなおしているところです。データはほぼすべてPCに（正しくはOne Driveのクラウドに）取ってあるので実害はなかったものの、再入力の手間がかかって少々参っています。今後同じことを繰り返したくないので、どうしてこんなことになってしまったのか、どなたかご教示いただけるでしょうか。