メモやメールなどでクラウドにデータ本体がある場合、iPhone上では単なるキャッシュですので、状況をiOSが判断してiPhone上のデータは消してしまいますね。
オンラインであれば再度読み込みしますのでさほど問題ないと思います。
この機能を意図的に停止する設定はないと思います。
また、ローカルにしかないデータは自動で削除さえることはありません。
どうしてもというなら、オンラインを想定していないメモアプリを探してそれを使用するとか。
(そうなると当然ですが他のデバイスとの同期や共有はできませんが.....)
あるいはデータをアプリ内に保存して置くタイプのアプリを使用するとか。
こちらであればiOSが勝手にアプリ独自のデータを削除することはないと思います。
ただ、私はオンライン前提でiOSデバイスを使用していますので、このタイプのメモアプリを使用していません。
ちょっと中途半端な書き込みごめんなさい。