メールで「再構築」をしたら受信メールが消えました。

　IMAPであれば、当該メールアカウントの設定を　システム環境設定＞インターネットアカウント　から削除したのちに再設定してください。

そうすることでIMAPサーバ上のデータをメールアプリが読みに行きます。

　POPの場合、あるいはローカルHDDにのみ存在するメールの場合、もしくはIMAPであっても上記方法で復元されない場合は、下記を行なってください。

1. TimeMachineをDockにまずは追加します。
2. メールアプリで復元したい受信フォルダを選択した状態でDock上のTime MachineをクリックするとTime Machineが起動します。
3. 復元したい日付まで戻り、復元したいメールを選択した状態で、復元を行なってください。
4. ESCキーを押してTime Machineを終了します。

復元されたメールはもとの受信フォルダではなく、Time Machine＞修復されたメッセージ　の中に復元されます。