「ポップアップメニューを開かない」にしているのに。

セキュリティソフトが正しく機能していて「忘れた頃に出てきます。」なら Apple の「単純にポップアップ広告を閉じるか、そのページから離れて Web の閲覧を続けてください。」で十分だと思います。

フィッシングメール、ウイルス感染の偽警告、偽のサポート電話などの詐欺に遭わないようにする - Apple サポート

広告ブロッカーを使用すればポップアップ広告はほとんどの場合防ぐことができますが各々の広告ブロッカーの特徴や使い方や欠点を自分で調べることができる人向けです。

ということはウイルスに感染してしまって、セキュリティソフトが解決できないということなんですね。

（たぶん、）じゃぁなくてぇ〜…。

「ウイルスに感染してしまって」なら、

セキュリティーソフトが危険と警告してきます。

この警告すら出ないようにするでしょうね…。

ポップアップメニューを開かないにチェックを入れていますが、

それは、あくまでも善意（？）のサイトがその設定を見てポップアップを出さないようにページを設計しているだけで、リダイレクト等、その気になればいくら「ポップアップメニューを開かないにチェックを入れて」ても、ページを開いたブラウザに強制的に別ページを開かせて何かさせようと設計できますし…。で、その開いたページに危険なもの（ウィルスに感染させようとする仕組み等）があるから、セキュリティーソフトが警告してブロックしているのでは？

そういう類のwebページ、結構ありますけどね…。Mac Keeperがらみとか…。

おそらくポップアップを制限していても出るタイプのものです。消せないと思われます。悪い奴らは悪さするために日々苦心しているようですので。

いえ。たぶん感染はしていないです。ポップアップが表示されるだけです。